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Refwright

旧称「Academic Paper Citation Manager」— プラグイン本体もIDも設定も変わりません。

Markdownノートが、そのまま文献ライブラリになります。
PubMedを検索し、AIで要約し、あらゆるジャーナルスタイルで引用する — Obsidianの中で動くZotero / EndNoteの代替です。

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PubMedから論文を追加
PubMedから論文を追加		 @で引用
@で引用
ライブラリとチャット
ライブラリとチャット		 引用マップ
引用マップ
すべての文献は、[CSL-JSON](https://citationstyles.org/) frontmatterを持つ素のMarkdown（`.md`）ノートです。 そのためライブラリは持ち運びやすく、将来も読め、あなた自身のものであり続けます。外部アプリもアカウントもバックエンドも不要で、必要なのはVaultだけです。 --- ## 📖 ユーザーガイド 論文の追加からWord原稿の書き出しまで、スクリーンショット付きで順に説明するガイドです。 [English](https://github.com/grotyx/rag-obsidian/blob/main/docs/manual/en.md) · [한국어](https://github.com/grotyx/rag-obsidian/blob/main/docs/manual/ko.md) · [中文](https://github.com/grotyx/rag-obsidian/blob/main/docs/manual/zh.md) · **[日本語](https://github.com/grotyx/rag-obsidian/blob/main/docs/manual/ja.md)** · [Español](https://github.com/grotyx/rag-obsidian/blob/main/docs/manual/es.md) · [Deutsch](https://github.com/grotyx/rag-obsidian/blob/main/docs/manual/de.md) · [Français](https://github.com/grotyx/rag-obsidian/blob/main/docs/manual/fr.md) · [Português](https://github.com/grotyx/rag-obsidian/blob/main/docs/manual/pt.md) [![ObsidianでのCitationと自動生成された参考文献リスト](https://raw.githubusercontent.com/grotyx/rag-obsidian/main/docs/manual/img/ja/08-bibliography.png)](https://github.com/grotyx/rag-obsidian/blob/main/docs/manual/ja.md) --- ## ✨ 機能 **📥 集める** - Obsidianの中で**キーワードからPubMedを検索** → 論文を選ぶ → ノート化。 - **DOI / PMID / arXiv**、または**論文タイトル**（自動照会）で追加。 - 既存ライブラリの**インポート** — **BibTeX · RIS · PubMed `.nbib` · CSL-JSON**、または 起動中の**Zotero 7**から直接（ライブラリ全体、または1コレクション）。 **🧠 要約する（AI）** - LLMが各ノートに**セクションごとの要約**（Background / Methods / Results / Conclusions）を書き込みます。*Summary language*（Settings → Chat）で、英語、韓国語、 両方（既定。英語＋簡潔な韓国語要約）、または名前で指定した任意の言語を選べます。 - オープンアクセスの論文（PubMed Central）は**全文**を、それ以外は抄録を使います。 **🏷️ 整理する** - すべてのノートに**MeSHトピック用語**を自動でタグ付け → Obsidianの**グラフビュー**で 論文が主題ごとにまとまります。 - **引用グラフ**（OpenAlex）：ライブラリ内の参考文献／被引用に加え、*「よく引用されているのに 手元にない」*論文を推薦します。Relatedペインに**マップ**として描画され（実線のノードは 手元にあるノート、破線は手元にない論文で、破線のノードをクリックすると追加できます）、 ペインのボタンから一度構築すれば、後から追加した文献は自動でグラフに加わります。 - 閲覧状況、**ダッシュボード**、被引用数。**Libraryペイン**では年、タイトル、 著者、被引用数、追加日で並べ替えられ、クイックフィルター（PDFあり／なし／未読／撤回）も使えます。 - **重複**：検出してから**統合**できます。1つのノートを残し、不足項目を他のノートで補い、 `[@old]` 引用はVault全体で書き換えられます。 - ノート単体またはライブラリ全体の**撤回チェック**（OpenAlex）と、レポートノートの作成。 - **システマティックレビュー**：**スクリーニングペイン**（include / exclude / maybe、キークエスチョン、 エビデンスレベル、研究デザイン、除外理由、キーボードショートカット）と、全文献またはタグ単位の **PRISMA 2020フローダイアグラム**。 - **PDF**：PDFのない文献すべてについてオープンアクセス版をダウンロード（Unpaywall）、または手元の **PDFフォルダをリンク**します（ファイル名、DOI、PMID、タイトルで照合）。 **✍️ 引用して書く** - `@` を入力 → オートコンプリートで `[@citekey]` を挿入。 - **「Update bibliography」**は、実際の**ジャーナルスタイル**（citeproc-js / CSL）で `## References` リストを作成します。本文中の引用マークも合わせて描画されます（`[1]`、上付き、または著者–年）。 - ノートのfrontmatterの `csl:` による**原稿ごとのスタイル指定**、または**Choose citation style…** で 約10,000のジャーナルスタイルをジャーナル名から検索。 - **Live Preview**では入力中に引用が描画され、**ホバー**すると論文が表示されます。 - 投稿前に**Check references in this manuscript**：ライブラリにない、撤回済み、DOIなし、 メタデータ不完全といった問題を検出します。 - **Compile manuscript** → 引用を解決したクリーンなコピーを作成 → **`.docx`** に書き出し。 **🔎 検索とチャット** - ハイブリッド**セマンティック検索**（BM25＋ベクトル）と、**引用に基づくチャット**。回答は ライブラリの内容だけから作られ、`[n]` 形式で出典を示します。 - **実測された検索精度**（0.8.1）：ホスト型の**クロスエンコーダーによるリランカー**（1回の検索あたり約$0.0002）、**クエリ拡張** （独自の検索語彙＋MeSHエントリー用語）、韓国語（または英語以外）の質問の**自動翻訳**。 16,578本の論文に対する96問の臨床ベンチマークで、nDCG@10は英語の質問で 0.53から0.81へ、韓国語の質問で0.18から0.83へ向上しました。 - Claude Code / Codex向けの**所見レベル検索**（MCP `search_findings`）：ノートの `## Evidence (extracted)` セクションから、 効果量、CI、p値、原文のままの引用といった個々の結果を検索します。 - **検索ペインと、チャットペインの両方にフィルター** — 発行**年の範囲**、**著者** （姓）、**タグ**で絞り込めます。タグ欄に入力すると（ライブラリ内のタグから オートコンプリート）、Enterでチップとして追加され、複数追加した場合はすべてを持つ論文のみが対象です。 フィルターは設定ではなくペインごとの状態です。チャットペインでは回答の根拠にできる 論文の範囲が絞られ、回答の出典リストには何で絞り込んだかが表示されます。 - **MCP経由のClaude Code / Codex（デスクトップ）：** 外部AIがライブライブラリを検索し、 論文を探して追加・要約し、Markdownノートを安全に作成／編集／移動／ゴミ箱へ移動し、 引用付きの原稿をコンパイルできます。要約の文章はClaude/Codexが書き、MCP経由ではこのプラグインの チャット・要約・リランキング用LLMは呼ばれません。Claude Code、Codex、OpenCode、 Antigravity向けのセットアップボタンがあり、ノート編集用の7つのツールはオフにできます。 - **LLMにAPIキーは不要（デスクトップ）：** チャットと要約は、ログイン済みの **Codex CLI**または**OpenCode CLI**経由で実行できます。検索用のembeddingには引き続きOpenRouter/OpenAI またはローカルのOllamaが必要です。 --- ## 📦 インストール > **Obsidianコミュニティディレクトリで公開中：** > [community.obsidian.md/plugins/academic-paper-citation-manager](https://community.obsidian.md/plugins/academic-paper-citation-manager) > バージョン0.6.0でプラグインIDが変わりました。0.5.xのままの方は、一度だけ > [移行ガイド](docs/MIGRATION-0.6.md)に従ってください。 ### Option A — コミュニティプラグイン（推奨） 1. Obsidian → **Settings → Community plugins** → 制限モード（Restricted mode）がオンならオフにします。 2. **Browse** → **Refwright** を検索 → **Install** → **Enable**。 更新は他のプラグインと同様にObsidianが行います（**Settings → Community plugins → Check for updates**）。 デスクトップ専用です（Obsidian 1.11.4以降）。 以前に**BRAT**経由でインストールしましたか？ プラグインIDとフォルダは同じなので、設定とインデックスはそのまま使えます。 BRATの一覧からプラグインを削除し、以後はコミュニティプラグインから更新してください。
Option B — リリースをダウンロード（手動） [最新リリース](https://github.com/grotyx/rag-obsidian/releases/latest)から、 `main.js`、`manifest.json`、`styles.css` を次のフォルダにダウンロードします。 ```text /.obsidian/plugins/academic-paper-citation-manager/ ``` （フォルダがなければ作成します。）その後Obsidianを再読み込みし、**Settings → Community plugins** でプラグインを有効化します。更新するには、3つのファイルをもう一度ダウンロードします。
Option C — 自分でビルドする [Node.js 18+](https://nodejs.org)と[git](https://git-scm.com)が必要です。 ```bash git clone https://github.com/grotyx/rag-obsidian.git cd rag-obsidian npm install cp .env.example .env # Windows: copy .env.example .env # edit .env → set VAULT_PLUGIN_DIR to /.obsidian/plugins/academic-paper-citation-manager npm run deploy # builds + copies the plugin into your vault ``` その後Obsidianで **Settings → Community plugins → プラグインを有効化** → 再読み込み（`Ctrl/Cmd-R`）します。
Option D — クラウド同期されたVault（2台目ではビルド不要） VaultをOneDrive / iCloud / Dropbox / Obsidian Syncに置いている場合、ビルド済みのプラグインは Vaultの**中**（`/.obsidian/plugins/academic-paper-citation-manager/`）に入って一緒に移動します。別のマシンでは、 同期されたVaultを開いてプラグインを有効化するだけです。Nodeもビルドも不要です。
--- ## 🚀 クイックスタート（5分） 1. Obsidianを**再読み込み**（`Ctrl/Cmd-R`）し、プラグインが有効になっていることを確認します。 2. **AIプロバイダを設定** — Settings → プラグインのタブ → 後述の**Providers**を参照。 3. **論文を追加** — リボンの**🔍 Search PubMed**で、トピックを入力し、結果を選んで **Add**。 それぞれが `References/` 内のノートになり、AI要約とトピックタグが付きます。 4. **書いて引用** — 任意のノートで `@` を入力し、文献を選ぶと `[@citekey]` になります。 5. **参考文献リスト** — `Ctrl/Cmd-P` → **Update bibliography** → 選んだジャーナルスタイルで `## References` リストが作られます。 > 引用ワークフローに**embeddingは不要**です。セマンティック検索とチャットは任意で、 > 一度だけ **Rebuild search index** が必要です。 ### Claude CodeまたはCodexに接続する Obsidian Desktopで **Settings → Refwright → External AI (MCP)** を開き、 アクセスを有効にして、生成されたClaude Codeのコマンド、またはCodexの設定をコピーします。ツールの使用中は、この Vaultを開いたままにしてください。ツール一覧、安全な編集ワークフロー、プロンプト例、セキュリティモデル、 トラブルシューティングは、[MCPガイド（完全版）](docs/MCP.md)を参照してください。 MCPは推論と文章作成をClaude CodeまたはCodexに任せます。**Chat with library**、 論文の要約、LLMリランカーは呼び出されません。設定済みのembeddingプロバイダが使われうるのは、 ライブラリ検索とインデックス再構築だけです。 論文を完全にインポートするには、クライアントに論文の追加と要約を依頼します。クライアントは `add_reference` → `get_reference_source` → `save_reference_summary` の順に進みます。PMC全文が優先され、 なければ抄録が使われ、現在のノートのハッシュにより、同時に行われた編集の上書きが防がれます。 --- ## 🖋️ manuwrightで論文を書く [**manuwright**](https://github.com/grotyx/Academic_writing_c_claudecode)は同じ作者による姉妹プロジェクトで、AIエージェント（Claude Code、Codex、Antigravity、opencode、Muse）向けの 医学論文ワークフローです。エージェントに、書く前に計画を立てさせ、登録された出典だけを引用させ、 すべての数値を結果ファイルから取らせ、投稿前に検証ゲートを通過させます。このプラグインのMCPサーバーを 文献ライブラリとして利用します。 - **ライブラリはすべてのエージェントと共有されます。** `manuwright obsidian connect` は、インストール済みの各エージェントに このプラグインのMCPサーバー（`rag-obsidian`）を登録するので、どのエージェントも執筆中に あなたの論文を検索できます。`manuwright obsidian install` は、プラグインをVaultにインストールし、 MCPアクセスを有効にすることもできます。 - **Obsidianが論文を見つけ、manuwrightが引用してよいものを決めます。** `manuwright evidence import-obsidian ` は、文献ノートを論文の `knowledge/evidence.md` にコピーします。 CSLフィールドが引用になり、プラグインのAI要約が要約フィールドを埋め、 citekeyが `[EVID:citekey]` のIDになります。インポートされたエントリーは、全文を読むまでは *abstract-only* として扱われます。 ```sh uv tool install git+https://github.com/grotyx/Academic_writing_c_claudecode manuwright obsidian status # vaults with this plugin, and which agents are connected manuwright obsidian connect # add the rag-obsidian MCP server to your agents manuwright evidence import-obsidian lv2024efficacy ```

manuwrightがObsidianライブラリの文献をevidence.mdにインポートしているところ

manuwrightは任意です。プラグイン単体でも動き、manuwrightもObsidianなしで動きます。 エージェントがライブラリを使う間は、MCPアクセスを有効にしたままObsidianを開いておいてください。 [manuwrightマニュアル](https://github.com/grotyx/Academic_writing_c_claudecode/blob/main/docs/manual.md#3b-your-obsidian-library-optional-recommended)を参照してください。 --- ## ⚙️ プロバイダ 差し替え可能で、Obsidian Desktop上ではすべてObsidianの `requestUrl` を通して通信します。 **初期状態では、チャットもembeddingもOpenRouterを指すOpenAI互換プロバイダに設定されています。** そのため、キー1つでチャット、論文要約、embeddingのすべてをまかなえ、ローカルに何かをインストールする必要はありません。 キーを貼り付ければ完了で、それ以外はすべて任意です。 - **LLM**（チャット＋要約）：OpenAI / 互換（既定） · Anthropic · Ollama（ローカル） · **Codex CLI** · **OpenCode CLI**。*Chat model* は任意で、**Chat with library** に限って既定のモデルを上書きします。 要約とPDFメタデータ抽出は安価な既定のモデルのままなので、チャットにはより強力なモデルを使う価値があります。 - **Embeddings**（検索＋チャット）：OpenAI / 互換（既定） · Ollama（ローカル）。 - **APIキー不要：Codex CLI / OpenCode CLI**（デスクトップ）。すでにCodex（ChatGPTログイン） やOpenCodeを使っているなら、LLMプロバイダとして選べます。チャット、要約、リランクの呼び出しはすべて あなた自身のログインでそのCLIを通して実行され、プラグインはキーを保存しません。*Default model* を空にすると CLI自身の既定が使われ、指定する場合は名前を入力します（`gpt-5.1-codex`、OpenCodeなら `provider/model`）。CLI は通常のインストール先フォルダから探され、見つからなければ *CLI executable* を設定します。**Test** で確認できます。呼び出しは 空の一時フォルダから、CLIのユーザー設定を読み込まずに実行され（そうしないと呼び出しのたびにMCPサーバーと フックが起動してしまいます）、1回あたり約4〜7秒で、バッチでは3つずつ並行して実行されます。 embeddingには引き続きOpenRouter/OpenAIまたはOllamaが必要です。 - **インデックスの保存場所**：*Keep the search index outside the vault*（デスクトップ）をオンにすると、 コンピューターのアプリデータフォルダに保存されるため、同期されたVaultで変更のたびに再アップロードされることがありません。 その場合、インデックスは各デバイスで個別に構築されます。 - **検索**：*Results (top-k)* は、回答を組み立てる際に使う文章（パッセージ）の数です（既定は20。1つの文献につき 最大3つまでなので、長い論文1本が枠を独占することはありません）。*Rerank chat results with the LLM* は既定でオフです。オンにすると、チャットは2倍の数のパッセージを取得し、 まずモデルに関連度順に並べさせます。質問ごとにリクエストが1回増えます。 > OpenRouterのモデルIDにはベンダーのプレフィックス（`openai/…`、`deepseek/…`）が付きます。ベースURLを > `https://api.openai.com/v1` にして使うことも可能で、その場合はモデルIDからプレフィックスを外してください。 **OpenRouterを使う場合は、**チャットとembeddingの両方に**OpenAI**プロバイダを選びます。キー1つ、 ベースURL1つで、数百のモデルが使えます。 | Setting | Value | |---|---| | Chat / Embedding provider | `OpenAI` | | OpenAI base URL (shared) | `https://openrouter.ai/api/v1` | | Chat model | any OpenRouter id, e.g. `deepseek/deepseek-v4-flash` | | Embedding model | `openai/text-embedding-3-small` | | API key (OpenRouter or OpenAI) | your OpenRouter key ([openrouter.ai/keys](https://openrouter.ai/keys)) | **Google Geminiを使う場合は、****OpenAI**プロバイダを選び、Googleのエンドポイントを指定します。 | Setting | Value | |---|---| | Chat provider | `OpenAI` | | Chat model | `gemini-3.5-flash` | | Embedding provider | `OpenAI` | | Embedding model | `gemini-embedding-001` | | OpenAI base URL (shared) | `https://generativelanguage.googleapis.com/v1beta/openai` | | API key (OpenRouter or OpenAI) | your Gemini key ([Google AI Studio](https://aistudio.google.com/apikey)) | --- ## ✍️ 論文を書く（ZoteroもWordプラグインも不要） ```text Obsidian: write Manuscript.md → type @ to cite → set the journal: csl: springer-basic-brackets Ctrl/Cmd-P → "Compile manuscript" → Manuscript (compiled).md Ctrl/Cmd-P → "Export manuscript to Word (.docx)" → Manuscript.docx (needs Pandoc) ``` - **Compile manuscript** は、すべての `[@citekey]` をスタイル適用済みの本文中の引用マークに解決し、 `## References` リストを末尾に付けます。Pandocや投稿にそのまま使える状態です。 - **Export manuscript to Word (.docx)** は同じ方法でコンパイルし、同梱の アカデミックテンプレート（Times New Roman 12 pt、ダブルスペース、黒字）でPandocを実行します。Pandocは通常のインストール先 フォルダから探されます。別の場所にある場合は、Settings → Writing でパスを指定してください。 （ターミナルから同じことを行う `scripts/to-docx.cjs` も引き続き使えます。） --- ## 🎨 引用スタイル 参考文献リストと本文中の引用マークは、CSL-JSONに対して**citeproc-js**で生成されます。Zoteroが使っているのと 同じエンジンです。 - **全体設定：** Settings → *Bibliography style (CSL)*。オフラインで使える同梱スタイルは **Spine · The Spine Journal · European Spine Journal · AMA · APA** です。または任意のスタイルID（例：`nature`、 `the-lancet`）を入力すると、[CSLリポジトリ](https://github.com/citation-style-language/styles) から取得されてキャッシュされます。 - **原稿ごと：** ノートのfrontmatterに `csl:` を追加します。全体設定より優先されます。 ```yaml --- csl: springer-basic-brackets --- ``` | Journal | `csl:` value | |---|---| | Spine | `spine` | | The Spine Journal | `elsevier-vancouver` | | European Spine Journal | `springer-basic-brackets` | | Global Spine Journal | `american-medical-association` | | anything else | any id from the CSL styles repo | --- ## 🧰 コマンド | Group | Commands | |---|---| | **Add** | Search PubMed · Add by DOI / PMID / arXiv / title · Import (BibTeX / RIS / nbib / CSL-JSON / Zotero) · Import PDF | | **Read** | Mark unread / reading / read · Reading queue · Find open-access PDF · Download open-access PDF · Download open-access PDF files for references without one · Link PDF files in a folder to references · Extract PDF highlights · Index linked PDF files · Index this note's PDF · Open reference online | | **Organize** | Summarize and tag references (fill gaps) · Summarize and tag this reference · Summarize and tag references in a folder or tag… · Re-summarize this reference · Re-summarize references made by an older model · Open screening pane · Create PRISMA flow diagram · Library dashboard · Find duplicates · Merge duplicates… · Backfill citation counts · Check retraction (this note / all) · Rename tag · Enrich metadata · Suggest related papers · Export citation network | | **Write** | `@` autocomplete · Suggest citations for selection · Find unsupported claims · Update bibliography · Choose citation style… · Check references in this manuscript · Compile manuscript · Export manuscript to Word (.docx) · Copy citation · Export annotated bibliography · Save latest chat answer as note | | **Search** | Search library (semantic) · Chat with library · Show related papers · Build citation graph · Rebuild search index | | **Export** | Library → BibTeX / RIS / CSL-JSON | --- ## 🛠️ 開発者向け ```bash npm run dev # esbuild watch → main.js npm run deploy # build + copy into the vault (VAULT_PLUGIN_DIR in .env) npm run build # tsc + esbuild production npm test # live integration suite + MCP contract/security checks ``` ヘルパースクリプト（ターミナルから実行、Obsidian不要）— パスは `.env` から取得されます。 ```bash node scripts/to-docx.cjs "Manuscript (compiled).md" # compiled md → styled .docx ``` 外部AIのセットアップは[`docs/MCP.md`](./docs/MCP.md)、0.5.xからの移行は [`docs/MIGRATION-0.6.md`](./docs/MIGRATION-0.6.md)、モジュール構成は [`CLAUDE.md`](./CLAUDE.md)を参照してください。 --- ## ⚠️ 注意事項と制限 - コミュニティ版のプラグインIDは `academic-paper-citation-manager` です。MCPの接続名は `rag-obsidian` のままで、この2つの識別子は互いに独立しています。 - ファイル名は**読みやすい形**（`2022-SpineJ-ParkSM-Biportal.md`）で、frontmatterの短い `citekey:` が `[@cite]` に使うハンドルです。 - `.docx` の書き出しには**Pandoc**が必要です。PDFハイライトの抽出には、注釈付きのPDFが必要です。 - 任意で使えるライブMCPブリッジがNode APIを使うため、このリリースは**デスクトップ専用**です。MCPを使う間は Obsidian Desktopと対象のVaultを開いたままにしてください。 - ObsidianのPropertiesパネルは、入れ子構造のCSL frontmatterに警告を出すことがありますが、データは正常です。 - 設定で**Contact e-mail**を入力してください。OpenAlex、Unpaywall、PubMedがすべてこれを使い、 オープンアクセスPDFの検索はメールアドレスなしでは動作しません。 - APIキーはOSのキーチェーン（ObsidianのsecretStorage）に保存され、`data.json` では空欄になります。 同期されたVaultでは、デバイスごとに一度キーを入力してください。 - ソースからのビルド／デプロイには、`styles/` 内のCSLスタイルが含まれます（CC BY-SA 3.0。 `styles/README.md` を参照）。コミュニティ版では、選択したCSLスタイル／ロケールが3つのリリースファイルに 含まれていない場合、取得してキャッシュします。プラグインのコードはMITライセンスです。 - 0.6.0以降、モバイルへのインストールはサポートされていません。[docs/MOBILE.md](docs/MOBILE.md)を参照してください。 ## 🔒 ネットワークとプライバシー - 文献の照会／検索では、必要に応じて識別子やクエリがCrossref、NCBI PubMed/PMC、OpenAlex、 Unpaywall、arXivに送信されます。CSLスタイル／ロケールは公式のCSL GitHubリポジトリからダウンロードされることがあります。PDF.jsはプラグインに同梱されており、CDNから実行コードが読み込まれることはありません。 ネットワークリクエストには、接続先サービスのプライバシーポリシーが適用されます。 - AI機能は、選択したソーステキストとプロンプトを、設定したプロバイダに送信します。対象は OpenAI互換のエンドポイント（OpenRouterやGeminiを含む）、Anthropic、またはOllamaです。APIキーは、 利用可能な場合はObsidianのSecretStorageに保存され、古いバージョンのObsidianではプラグインの `data.json` にフォールバックします。このプラグインにテレメトリ、広告、アカウントサービス、ホスト型バックエンドはありません。 - *Rerank results with a cross-encoder* がオン（既定）のとき、検索クエリと取得したパッセージは OpenRouterのrerankエンドポイントに送信されます。*Translate non-English searches* がオン （既定）のとき、英語以外のクエリは翻訳のためにチャットモデルへ送信されます。*Build MeSH synonym list for search* は、ライブラリでよく使われる主題タグをNCBI E-utilitiesに送信します。 - MCPは認証付きの `127.0.0.1` でのみ待ち受けます。生成されたブリッジをプラグインの隣に、また 短時間だけ有効な検出ファイルをオペレーティングシステムの一時ディレクトリ（Vaultの外）に書き込みます。どちらも 接続情報を含みますが、ノートの内容やプロバイダのAPIキーは含みません。MCPツールがVaultのMarkdownを 読み書きできるのは、MCPアクセスを有効にした場合だけです。[MCPのセキュリティ モデル](docs/MCP.md#editing-and-deletion-safeguards)を参照してください。 - **ローカルプログラム（デスクトップ、オプトイン）。** 2つの機能は、コンピューターにすでにインストールされているプログラムを、 使用したときにのみ実行します。**Codex CLI / OpenCode CLI** のLLMプロバイダ（プロンプト とソーステキストはそのCLIに渡され、CLIがあなたのログインで自らのプロバイダに送信します。 プラグインはキーを保存せず、CLIのユーザー設定も読み込みません）と、**Export manuscript to Word** （コンパイル済みの原稿に対してPandocをローカルで実行）です。プラグインがどちらのプログラムも ダウンロードしたりインストールしたりすることはありません。 - **Vault外のファイル（デスクトップ、オプトイン）。** "Keep the search index outside the vault" をオンにすると、インデックスはオペレーティングシステムのアプリデータフォルダ （`~/Library/Application Support`、`%LOCALAPPDATA%`、または `~/.local/share` の、 `academic-paper-citation-manager/` 配下）に書き込まれます（0.8.1まではキャッシュフォルダでしたが、クリーナーアプリに消されるためです）。 CLIとPandocの呼び出しは一時フォルダを使い、呼び出しのたびに削除されます。 ## 👤 著者 **Professor Sang-Min Park, M.D., Ph.D.** Department of Orthopaedic Surgery, Seoul National University Bundang Hospital, Seoul National University College of Medicine 🌐 [sangmin.me](https://sangmin.me/) ## 📄 ライセンス MIT（プラグインのコード）。同梱のPDF.jsはApache-2.0ライセンスの全文と改変の告知を `main.js` 内に保持しています。CSL スタイル／ロケールはCC BY-SA 3.0ライセンスのままです（[THIRD_PARTY_NOTICES.md](./THIRD_PARTY_NOTICES.md)を参照）。